Der promovierte Chemiker Böttner war bis zu seiner Pensionierung im Jahr 2012 Leiter des Geschäftsbereichs »Thermoelektrische Systeme« am Fraunhofer IPM. Mehr als 30 Jahre forschte er am Institut vor allem auf dem Gebiet thermoelektrischer Energiewandler. Letztere wandeln einen Wärmefluss direkt in elektrische Energie um und spielen daher u.a. eine wichtige Rolle bei der Nutzung von Abwärme, dem sogenannten »Energy Harvesting«. Forschungsschwerpunkte der von Böttner geleiteten Thermoelektrik-Gruppe waren die Optimierung thermoelektrischer Materialen und die Aufbau- und Verbindungstechnik thermoelektrischer Module. In Kooperation mit der Infineon Technologies AG entwickelte Böttners Team einen Serienfertigungsprozess für miniaturisierte Thermogeneratoren, Peltier-Kühler und thermoelektrische Sensoren auf Basis einer Dünnschicht-MEMS-Plattformtechnologie.

Harald Böttner ist Mitbegründer der Deutschen Thermoelektrischen Gesellschaft DTG und der European Thermoelectric Society ETS. Lange Jahre war Böttner Vorstandsmitglied der DTG und ETS sowie der International Thermoelectric Society ITS.